食品微生物檢驗主要是指細菌學檢驗，包括細菌總數、大腸菌群和致病菌的檢驗。經典的方法有固體培養基法(用于細菌總數的檢驗)，液體培養基發酵法(用于大腸菌群的檢驗)服務范圍:
各類食品，植物性、動物性原材料、加工產品、半加工產品，如糧食、油脂、調味品、肉制品、飲料、罐頭、餅干、糖果類、酒類、蔬菜、炒貨、食品添加劑、農產品、嬰兒食品、豆制品、糕點等。
菌落總數:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗菌落總數測定 GB 4789.2-2016.
大腸菌群計數:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗大腸菌群計數 GB 4789.3-2016.
沙門氏菌:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗沙門氏菌檢驗 GB 4789.4-2016 (不測血清分型)。
志賀氏菌:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 志賀氏菌檢驗 GB 4789.5-2012.
副溶血性弧菌:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗副溶血性弧菌檢驗 GB 4789.7-2013 (不測血清分型、神奈川試驗)。
金黃色葡萄球菌 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗金黃色葡萄球菌檢驗 GB 4789.10-2016.
溶血性鏈球菌:
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 β型溶血性鏈球菌檢驗 GB 4789.11-2014.
蠟狀芽孢桿菌 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 蠟樣芽孢桿菌檢驗 GB 4789.14-2014.
霉菌和酵母計數 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 霉菌和酵母計數 GB 4789.15-2016.
單核細胞增生李斯特氏菌 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗單核細胞增生李斯特氏菌檢驗 GB 4789.30-2016.
乳酸菌 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗乳酸菌檢驗 GB 4789.35-2016.
大腸埃希氏菌計數 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸埃希氏菌計數 GB 4789.38-2012.
大腸埃希氏菌O157:H7/NM :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗大腸埃希氏菌O157:H7/NM檢驗 GB 4789.36-2016.
調味品檢驗 :
食品衛生微生物學檢驗 調味品檢驗 GB/T 4789.22-2003.
糖果、糕點、果脯檢驗 :
食品衛生微生物學檢驗 糖果、糕點、蜜餞檢驗 GB/T 4789.24-2003.
酒類檢驗 :
食品衛生微生物學檢驗 酒類檢驗 GB/T 4789.25-2003.
商業無菌 :
食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 商業無菌檢驗 GB 4789.26-2013 不做附錄B異常原因分析
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