目前農藥殘留檢測方法和儀器種類繁多，以下是常見農藥殘留檢測方法原理：
免疫分析法：
免疫分析法（IA）以抗體作為生物化學檢測器對化合物、酶或蛋白質等物質進行定性和定量檢測。免疫技術是 90 年代優先研究開發和利用的農藥殘留分離技術，這是一種基于抗原抗體特異性識別和結合性反應為基礎的分析方法。它在測定的高度靈敏度和抗性物質的痕量檢測方面取得了很大的成就。
通過對抗原或抗體進行標記（酶、熒光物質、放射性同位素標記等），利用標記物的生物或物理或化學放大作用，與現代測試技術相結合，對樣品中特定的農藥殘留物進行定性定量檢測。如酶聯免疫法，該技術在國外已經商品化。它快速簡便，僅需要很少的儀器設備和專業培訓，主要用于初篩、測定致癌物和一些劇毒農藥，對污染事故的污染物檢測具有十分重要的意義。
酶抑制法：
酶抑制法是一種可對部分農藥進行快速殘留檢測的技術，其適用于有機磷與氨基甲酸酯類農藥。它利用這類農藥可特異性地抑制昆蟲中樞和周圍神經系統仲乙酰膽堿酯酶的活性，破壞其神經的正常傳導，從而使昆蟲中毒致死。將乙酰膽堿酯酶與樣品反應，根據乙酰膽堿酯酶活性受到抑制的情況，可判斷出樣品中是否含有有機磷與氨基甲酸酯類農藥。
深圳市芬析儀器制造有限公司生產的農藥殘留檢測儀是根據農業標準方法（NY/T 448-2001）和國標（GB/T5009.199-2003）中的酶抑制率法，嚴格遵循《GB/T5009.199-2003蔬菜中有機磷和氨基甲酸酯類農藥殘留快速檢測方法標準》中的規定對蔬菜中有機磷和氨基甲酸酯類農藥殘留的快速檢測。可廣泛應用于各級政府蔬菜檢測中心、農貿市場、超市、環保機構、蔬菜種植基地、飯店、車載及實驗室等食品安全檢測與監控場所等單位對果蔬中農藥殘留的檢測。
生物傳感器技術
生物傳感器是利用生物活性物質（如酶、抗原、抗體、細胞、組織等）作為傳感器的識別元件，與樣品中的待測物質發生特異性反應（如發光、發熱、顏色變化、形成復合物等），利用轉換器檢測到這些變化并將其轉化為電信號，再通過檢測裝置的分析處理，即可對待測物質進行定性和定量檢測。
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